В 1991 году во исполнение приказа Министерства здравоохранения Республики Татарстан в акушерском корпусе городской больницы № 4 был открыт Перинатальный центр.

В его состав вошли 2 отделение патологии беременности, гинекологическое отделение и отделение реанимации новорожденных.

Начиная с 1993 года в центре начался прием преждевременных родов. В дальнейшем в результате проводимых в 4 городской больнице реорганизаций Перинатальный центр стал самостоятельным учреждением.